Demokrātiskas valsts principiem atbilstošas trīspakāpju tiesu sistēmas pakāpeniska izveidošana kļuva iespējama pēc tam, kad 1990. gada 4. maijā Augstākā Padome pieņēma deklarāciju "Par Latvijas Republikas neatkarības atjaunošanu", kas ieguva konstitucionāla akta juridisko spēku. Deklarācija atjaunoja tos 1922. gada Satversmes četrus pantus, kuri nosaka Latvijas valsts konstitucionāli tiesisko pamatu, un noteica pārejas periodu. Savukārt 1991. gada 21. augustā pieņemtais konstitucionālais likums "Par Latvijas Republikas valstisko statusu" pilnībā atjaunoja valsts iekārtu atbilstoši Latvijas Republikas 1922. gada 15. februāra Satversmei.
Veidojot atjaunotās Latvijas tiesu sistēmu, tajā skaitā arī Augstāko tiesu, nebija jāsāk no "tīras baltas lapas". Latvijas tiesu sistēmas reforma patiesībā bija evolucionārs process, kurā tika izmantota gan neatkarīgās Latvijas laika normatīvā bāze, gan radīta jauna. 90. gadu sākumā tiesu reformas sagatavošanā un vēlāk tās īstenošanā aktīva loma bija ne tikai atsevišķiem Augstākās tiesas tiesnešiem, bet arī Augstākajai tiesai kopumā.
Lai novērstu komunistiskās partijas ietekmi uz tiesām, 1990. gada 14. februāra Augstākās tiesas plēnuma lēmums noteica, ka tiesneša amats nav savienojams ar piederību politiskajām partijām un sabiedriski politiskajām organizācijām.
1990. gada 23. aprīlī plēnums aicināja Latvijas PSR Augstāko Padomi, kurai bija likumdošanas tiesības, atzīt par nelikumīgiem visus tos tiesu un ārpustiesu institūciju nolēmumus, ar kuriem, pēc okupācijas valsts likumiem, bija represēti Latvijas iedzīvotāji, un tos reabilitēt.
Augstākās tiesas plēnums 1991. gada 11. martā pieņēma lēmumu "Par Latvijas Republikas tiesu neatkarību", kurā pirmo reizi bija ietverti svarīgi tiesu neatkarības un lietu izskatīšanas pamatprincipi, kas atbilda starptautiskajiem standartiem.
Pēc valstiskās neatkarības atjaunošanas bija jāpieņem arī svarīgs politisks lēmums, vai atļaut tiesnešiem, kas ir mācījušies un strādājuši padomju laikā, turpināt darbu. Īpaši aktuāli tas bija attiecībā uz augstākajiem tiesnešiem. Tika dota iespēja individuāli vērtēt katra darbu un lojalitāti. Vairākums Augstākās tiesas tiesnešu pilnvaras saglabāja. 1991. gada 8. aprīlī pirmie Augstākās tiesas tiesneši nodeva Latvijas Republikas tiesnešu zvērestu.
1992. gada 15. decembrī Saeima pieņēma likumu "Par tiesu varu". Šis likums ir uzskatāms par Latvijas tiesu reformas tiesisko pamatu.
Pirmo reizi likumā tika nostiprināts varas dalīšanas princips: 1. panta 1. daļā ir teikts, ka Latvijas Republikā līdzās likumdošanas un izpildu varai pastāv neatkarīga tiesu vara.
Taču 1994. gadā, kad Ministru kabinets apstiprināja jaunu Tieslietu ministrijas nolikumu, tajā starp ministrijas uzdevumiem bija minēts arī uzdevums pārraudzīt Augstāko tiesu. Augstākās tiesas plēnums 1994. gada 31. oktobrī atzina ministrijas nolikumu daļā par Augstākās tiesas pārraudzību par neatbilstošu likumam un Augstākajai tiesai nesaistošu. Plēnums atzina, ka centrālā izpildvaras iestāde, ņemot pārraudzībā Augstāko tiesu, ignorējusi varas dalīšanas principu, tiesu neatkarības principu un ar izpildvaras iestādes nolikumu uzurpējusi tiesības pārraudzīt augstāko tiesu varu Latvijā - Augstāko tiesu.
Latvijas Republikas Augstākās tiesas struktūras veidošana
Likuma "Par tiesu varu" 4., 5., 6. nodaļā minētās normas nostiprināja Latvijā trīspakāpju tiesu sistēmu.
Pamatojoties uz šīm normām, Latvijā pilnīgi no jauna tika izveidotas piecas apgabaltiesas, bet Augstāko tiesu pārveidoja, izveidojot tajā kasācijas instanci - Senātu - un tiesu palātas kā apelācijas instances.
1995. gada 3. oktobrī Augstākās tiesas plēnums ar lēmumu “Par Latvijas Republikas Augstākās tiesas Senāta departamentu un tiesu palātu izveidošanu” radīja Augstākās tiesas pašreizējo struktūru – apstiprināja Civillietu tiesu palātas, Krimināllietu tiesu palātas, kā arī Senāta Civillietu un Krimināllietu departamentu tiesnešu sastāvu un priekšsēdētājus.
Kopš 2004. gada Augstākās tiesas priekšsēdētājs bija Andris Guļāns. Viņš Augstāko tiesu vadīja līdz 2008. gada 13. jūnijam.
Par pirmo Senāta Civillietu departamenta priekšsēdētāju 1995. gadā ievēlēja Mārtiņu Dudeli, Krimināllietu departamenta priekšsēdētāju - Pāvelu Gruziņu. Par Civillietu tiesu palātas priekšsēdētāju ievēlēja Gunāru Aigaru, Krimināllietu tiesu palātas priekšsēdētāju - Andreju Lepsi.
Senāta Administratīvo lietu departaments darbu sāka 2004. gada 6. februārī. Pirmais šī departamenta priekšsēdētājs bija Valerijans Jonikāns.
2005. gada 6. un 7. oktobrī Latvijas Republikas Augstākā tiesa atzīmēja darbības atjaunošanas piecpadsmito gadskārtu. Jubilejas ietvaros rīkotajā konferencē tika vērtēts Augstākās tiesas darbs, kā arī paustas vērtīgas atziņas par Augstākās tiesas turpmāko attīstību.
