No 1991. gada decembra līdz 2004. gada nogalei saskaņā ar likumu "Par nelikumīgi represēto personu reabilitāciju” Augstākajā tiesā darbojās Reabilitācijas daļa. Tās uzdevums bija izskatīt krimināllietas un sagatavot materiālus to personu reabilitēšanai, kuras padomju okupācijas gados notiesātas ar kara tribunālu vai tiesu spriedumiem.
Reabilitācijas daļa pētīja arhīva krimināllietu materiālus un sastādīja vairāk nekā 30 tūkstošus slēdzienu par represētajām personām, izsniedza reabilitācijas apliecības apmēram 12 250 personām, reabilitācija atteikta 2545 personām.
Reabilitācijas daļu gandrīz kopš tās pirmsākumiem vadīja Biruta Puķe, 14 gadus uzklausot traģiskus dzīvesstāstus, pētot arhīvu dokumentus, pieprasot izziņas no dažādu Krievijas apgabalu, visbiežāk – Krasnojarskas un Magadanas, kā arī Komi APSR un Kazahstānas Republikas Iekšlietu ministriju arhīviem.
Sākumā, ja par reabilitāciju nebija strīdu, Augstākās tiesas darbinieki slēdzienus rakstīja bez lietu pārskatīšanas. Tā bija vienīgā ispēja ātri sniegt atbildes cilvēkiem, un iesniegumu skaits bija milzīgs. Kad konsultantiem bija iespējas strādāt arhīvā, slēdzienus rakstīja arī par visām citām kādā lietā tiesātajām personām.
Vēlāk visās Augstākajai tiesai piekritīgajās lietas tika gatavoti slēdzieni par visām represētajām personām. Ja par kādu represēto nebija iesnieguma, tiesas darbinieki paši mēģināja noskaidrot represētā vai viņu tuvinieku dzīves vietu, lai paziņotu par reabilitāciju.
Cilvēki šādus gadījumus parasti uzņēma ļoti atsaucīgi, pat saviļņoti, jo paši nebija zinājuši, ko darīt un kur meklēt dokumentus.
Reabilitācijas daļa represētajiem un viņu tuviniekiem izsniedza arī dažādas izziņas - par mantas konfiskāciju, ieslodzījuma un nometinājuma vietām, piedalīšanos nacionālajā pretošanās kustībā, miršanas fakta konstatāciju.
1995. gada 27. aprīļa likums „Par politiski represētās personas statusa noteikšanu komunistiskajā un nacistiskajā režīmā cietušajiem” nosaka, ka valsts nodrošina šo personu likteņu vēsturisku izpēti. Augstākās tiesas Reabilitācijas daļas sastādītie dokumenti iekļaujas dokumentu kopējā krājumā, pēc kuriem varēs vērtēt cilvēku likteņus atbilstošajā laika posmā.
