Demokrātiskas valsts principiem atbilstošas trīspakāpju tiesu sistēmas pakāpeniska izveidošana kļuva iespējama pēc tam, kad 1990. gada 4. maijā Augstākā Padome pieņēma deklarāciju "Par Latvijas Republikas neatkarības atjaunošanu", kas ieguva konstitucionāla akta juridisko spēku. Deklarācija atjaunoja tos 1922. gada Satversmes četrus pantus, kuri nosaka Latvijas valsts konstitucionāli tiesisko pamatu, un noteica pārejas periodu. Savukārt 1991. gada 21. augustā pieņemtais konstitucionālais likums "Par Latvijas Republikas valstisko statusu" pilnībā atjaunoja valsts iekārtu atbilstoši Latvijas Republikas 1922. gada 15. februāra Satversmei.
Augstākās tiesas plēnums jau 1991. gada 11. martā pieņēma lēmumu "Par Latvijas Republikas tiesu neatkarību", kurā pirmo reizi bija ietverti svarīgi tiesu neatkarības un lietu izskatīšanas pamatprincipi, kas atbilda starptautiskajiem standartiem, sekmēja tiesu reformu un demokrātisku procesu attīstību valstī.
1992. gada 15. decembrī Saeima pieņēma likumu "Par tiesu varu". Šis likums ir uzskatāms par Latvijas tiesu reformas tiesisko pamatu un atbilst tā laika progresīvajiem centieniem pārveidot tiesu sistēmu mūsu valstī.
Pirmo reizi likumā tika nostiprināts varas dalīšanas princips: 1. panta 1. daļā ir teikts, ka Latvijas Republikā līdzās likumdošanas un izpildu varai pastāv neatkarīga tiesu vara. Likuma 4., 5., 6. nodaļā minētās normas nostiprina Latvijā trīspakāpju tiesu sistēmu.
Pamatojoties uz šīm normām, Latvijā pilnīgi no jauna tika izveidotas piecas apgabaltiesas un Augstākā tiesa pārveidota par apelācijas instanci ar tiesu palātām un kasācijas instanci – Senātu.
Likumā pirmo reizi tika iekļautas normas, kas regulē tiesnešu kandidātu izvirzīšanas kārtību, tiesnešu iecelšanu un apstiprināšanu, atbrīvošanu un atcelšanu, pašpārvaldes un citus tiesu varai svarīgus jautājumus. Kaut gan laika gaitā likumā tika izdarīti vairāki grozījumi, tomēr likums savu progresīvo raksturu joprojām saglabā. Šī likuma 6. nodaļa pašlaik nosaka Augstākās tiesas struktūru un kompetenci.
1995. gada 3. oktobrī Augstākās tiesas plēnums ar lēmumu “Par Latvijas Republikas Augstākās tiesas Senāta departamentu un tiesu palātu izveidošanu” radīja Augstākās tiesas pašreizējo struktūru – apstiprināja Civillietu tiesu palātas, Krimināllietu tiesu palātas, kā arī Senāta Civillietu un Krimināllietu departamentu tiesnešu sastāvu un priekšsēdētājus. Administratīvo lietu departaments darbu sāka 2004. gada februārī.
Palēnām notika arī tiesnešu atgriešanās Tiesu pilī. Augstākā tiesa atgriezās Tiesu pilī 1996. gada 23. aprīlī, taču daļu ēkas joprojām aizņem Ministru kabinets, Ārlietu ministrija un Tieslietu ministrija.
2005. gada 6. un 7. oktobrī Augstākā tiesa atzīmēja darbības piecpadsmito gadskārtu. Jubilejas ietvaros rīkotajā konferencē tika vērtēts Augstākās tiesas darbs, kā arī paustas vērtīgas atziņas par Augstākās tiesas turpmāko attīstību.
